Više o genotipovima

Za one koji žele znati više

Objašnjenje genotipova
O hepatitis C virusu lakše je raspravljati na način da ga se zamisli kao jedinstveni organizam iako je to u stvari kompleks virusa, dovoljno sličan da ga se naziva hepatitis C virus, ali opet dovoljno različit da ga se klasificira u podgrupe.
Virusi su mikroskopskih dimenzija i nemoguće ih je vidjeti golim okom. U biti, HCV je tako malen da mu nije potvrđen izgled koristeći ni jedan, do sad proizvedeni mikroskop.
Shodno tome, bolji način za razumijevanje HCV genotipova i podskupina je usporediti s nečim nama bližim.

Genotipovi
Skupina ptica koju zovemo ptice grabežljivice evoluirale su u nekoliko glavnih vrsta. Zamišljajući grabežljivice kao hepatitis C viruse, mogli bismo uzeti jednu glavnu vrstu, recimo orlove i zamisliti ih kao jednu od glavnih HCV vrsta (genotipova).

Podvrste
Ali, orlovi kao skupina sastavljeni su od različitih podskupina kao što su Američki ćelavi orao, morski orao…. Svakog od ovih možete zamisliti kao HCV podvrste koje tvore HCV genotip.

Kvazi-vrste
Unutar svake skupine orlova, ima daljnjih razlika. Svi orlovi račvastog repa, na primjer, razlikuju se međusobno po rasponu krila, težini, boji, veličini kljuna itd. Jednako tako, unutar hepatitis C pod-vrste, virusi se međusobno razlikuju. Te razlike nisu dovoljno značajne da bi se formirao drugi pod-tip nego ono što nazivamo kvazi-vrsta. Vjeruje se da unutar HCV pod-vrste, postoji nekoliko miliona kvazi-vrsta. Znanstvenici pretpostavljaju da ljudi imaju milijarde virusa koji im cirkuliraju tijelom. Iako mogu biti jedna ili dvije predominantne pod-vrste, infekcija kao cjelina nije jedinstvena nego sastavljena od mnogo različitih pod-vrsta.

Podjele
Biolozi načelno nisu poznati po kreativnosti kad je u pitanju imenovanje stvari pa tako ni kod hepatitis C virusa. Najčešće korištena klasifikacija hepatitis C virusa dijeli HCV na sljedeće genotipove (glavne vrste): 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 i 11. Kao što smo napomenuli, HCV genotipovi su podijeljeni u nekoliko podvrsti, od kojih su neke:

1a, 1b, 1c
2a, 2b, 2c
3a, 3b
4a, 4b, 4c, 4d, 4e
5a
6a
7a, 7b
8a, 8b
9a
10a
11a

Genotip uzorci
Vjeruje se da je hepatitis C virus evoluirao u periodu od nekoliko tisuća godina. Ovo bi objasnilo trenutne globalne uzorke genotipova i podtipova:

1a – najčešće nađen u Sjevernoj & Južnoj Americi; prisutan i u Australiji
1b – najčešći u Europi i Aziji.
2a - najčešći genotip 2 u Japan i Kini.
2b - najčešći genotip 2 u US i Sj. Europi.
2c - najčešći genotip 2 u Zapadnoj i Južnoj Europi.
3a – visoka prevalencija u Australiji (40% slučajeva) i južnoj Aziji.
4a - visoka prevalencija u Egiptu
4c - visoka prevalencija u Središnjoj Africi
5a - visoka prevalencija u Južnoj Africi
6a – samo u Hong Kongu, Macau i Vijetnamu
7a i 7b – čest u Tajlandu
8a, 8b & 9a – čest u Vijetnamu
10a & 11a – nađeni u Indoneziji

Vjeruje se da od procijenjenih 160,000 Australaca s HCV, otprilike 35% ima podtip '1a', 15% ima '1b', 7% ima '2', 35% ima '3' (uglavnom 3a). Ostali imaju druge genotipove.

Genotipovi i liječenje
Trenutna znanstvena pretpostavka je da vrijeme zaraženosti HCV-om, HCV virusni titar (viral load), godine starosti, stupanj oštećenja jetre te/ili status fibroze mogu igrati važnu ulogu u određivanju odgovora na terapiju interferonom. Zadnje studije kazuju da HCV podtip (ili podtipovi) najviše utječu na uspjeh terapije (monoterapije interferonom ili kombiniranu terapiju interferon +ribavirin). Vode se rasprave širom svijeta koje bi trebalo malo rasvijetliti ovo uvjerenje. Objavit ćemo izvještaje kako budu dostupni.

Ova studija rađena je da bi pojasnila da li se duži histološki rezultat kod pacijenata s kroničnim hepatitisom C razlikuje obzirom na to da li su zaraženi genotipom 1 ili 2. Ispitano je 140 pacijenata s kroničnim hepatitisom C. HCV genotip određen je ELISA testom baziranim na genotipovima 1 i 2 specifično rekombiniranih proteina; genotip 1 je nađen u 100 pacijenata (96 su bili 1b a 4 se nisu mogla odrediti) dok je genotip 2 u 36. Dvije grupe nisu pokazale nikakve značajne razlike prema kliničkim karakteristikama. Pogoršanje stupnja jetrene histologije za vrijeme perioda praćenja uočeno je u 68% pacijenata s genotipom 1 u usporedbi sa 41,7% onih s genotipom 2 (P < .01). Slično tome, Pogoršanje stupnja jetrene histologije bilo je češće kod prve nego li kod druge grupe (63,0% i 389%; P < .05). Jačina serum HCV-RNA je bila značajno viša u pacijenata s genotipom 1 nego li u onih s genotipom 2 (P < .001), i varijabilna analiza je pokazala da je jačina koncentracije jedan od nezavisnih faktora pogoršanja (P = .0044). Ovaj fenomen je dijelom vezan uz razlike u patogenosti između 2 HCV genotipa. Zaključeno je da rezultati sugeriraju veću progresiju kroničnog hepattisa C kod pacijenata sa genotipom 1b nego u onih sa genotipom 2.

Porijeklo hepatitis C virus genotipova
Za mnoge RNA viruse relativno novo porijeklo postojećih virusa implicirano je visokim razmjerom supstitucije u ponovljenim ispitivanjima za više varijabli. Bilo kako bilo, ekstrapolacija kratkoročnih razmjera supstitucije može davati krive procjene za period divergencije.
Pokazalo se da je uobičajeni nasljednik različitih tipova hepatitis C virusa (HCV) stariji nego što se mislilo. Razmjer HCV sekventne promjene mjerio se u skupini osoba zaraženih sljedećom administracijom anti-D imunoglobulina. Virusne sekvence su pronađene u E1 i NS5B genima i uspoređene jedna s drugom i sa sekvencom infektivne skupine. Uzimajući u obzir predmnijevane karakteristike sinonimskih tranzicijskih supstitucija, procijenjeno je da su se divergencije varijabli podvrste 1b pojavile prije 70-80 godina. Vjeruje se da nebrojene podvrste HCV dolaze od 300 godina endemskih infekcija u pojedinim zemljopisnim regijama s recentnim širenjem pojedinih podvrsta na ostatak svijeta. Procjena vremena porijekla glavnih HCV genotipova HCV (tipovi 1-6) je problematična, ali naši podaci i analogija s drugim virusima sugerira da se divergencija pojavila bar prije 500-2000 godina.